50万周期にわたり大宇宙で抗争を続ける巨人族の二大勢力、
男のゼントラーディと女のメルトランディ。
西暦2009年、その戦火は地球にも及び、ゼントラーディの奇襲をうけた
地球統合軍の巨大宇宙戦艦マクロスは、脱出時の動力不調から
太陽系外周部へ飛び出すこととなる。

地球を離れる際避難した5万8千人の民間人は、広大な艦内に
市街地を建設し生活を営んでいた。追撃をうけながら地球への
自力帰還をめざす航海の5か月目、土星の衛星タイタン宙域から物語は始まる。

可変戦闘機バルキリー隊のパイロット一条輝は市街地に侵入した
敵部隊との交戦中、人気歌手リン・ミンメイの命を救う。

憧れのアイドルと親密になれたものの、厳格な上官早瀬未沙からは
単独行動を咎められる。輝は芸能生活に疲れたミンメイを元気づけるため、
ふたりで土星の輪の遊覧飛行を楽しむが、
連れ戻しに来た未沙ら共々ゼントラーディ艦隊の捕虜になってしまう。

彼らは捕虜尋問の中で、巨人たちが地球人のありふれた生活習慣に驚き、
とくに男女の愛情表現に衝撃を受けるということに気付く。
輝と未沙は敵艦からバルキリーで脱出したが、
フォールド（超空間跳躍）から弾き出され、マクロスより先に地球にたどり着く。

人類が死に絶えた地上を1カ月間放浪するうちに、ふたりは寂しさを分かちあい、
愛を確かめ合う。そして、朽ち果てた巨大宇宙移民船を調べたところ、
先史銀河文明プロトカルチャーの時代に単体生殖が進んだ結果、
男と女が争い始め、ふたつの巨人族が生み出されたことや、
地球人の祖先も遺伝子操作されていたことを知る。

一方、ゼントラーディ基幹艦隊司令ゴル・ボドルザーは巨人たちが失った
「文化」を地球人が持っていることを悟り、一時的にマクロスと休戦。
プロトカルチャーのメモリープレートに刻まれていた曲をミンメイに歌わせ、
カルチャーショックでメルトランディを屈服させようと企む。

地球に帰還したマクロス艦内で、輝・ミンメイ・未沙は再会を果たす。
ミンメイは輝へ想いを告げるが、輝は未沙への愛を貫き、
未沙が解読した歌詞を歌ってほしいと頼む。

ゼントラーディ対メルトランディ艦隊決戦の最中、ミンメイは
失恋に傷つきながらも、歌手としての誇りを胸にステージに立つ。
ミンメイが歌う『愛・おぼえていますか』が戦場に響き渡ると、
男と女の巨人たちは秘めたるカールチューン（文化因子）を呼び起こされ、
再び文化を取り戻すために団結する。
輝はバルキリーを駆ってゼントラーディ母艦中枢へ単機突入し、
ボドルザーにとどめを刺す。

「大昔に流行した当たり前のラブソング」が時空を超えて平和をもたらし、
ミンメイと未沙は互いに顔を見合わせ笑顔を交わす。

男女の恋愛の心の歌が時空を超えて平和をもたらした
MBS・TBS系 超時空要塞 マクロス::映画「超時空要塞マクロス」 愛・おぼえていますか＜音楽篇＞